Раздельный учет НДС на упрощенном режиме – сохранить или отказаться?

С 2025 года компании на упрощенном режиме начали платить НДС, и перед бухгалтерами появилась задача – вести ли раздельный учет. Одни бухгалтера считают, что нужно, так как без этого организация потеряет вычеты и нарвется на штрафы. Другие бухгалтера опираются на новые правила в законах, позволяющие законно избавиться от этой рутины и сэкономить время. В этой статье мы рассмотрим обе позиции и дадим три совета для практического применения.

Позиция «ЗА»

Плюсом раздельного учета является то, что он защитит от доначислений.

Отказываться от раздельного учета в этой ситуации равносильно тому, что не вести его вообще. Хотя законом введены пониженные ставки 5% и 7%, но ошибки могут быть в мелочах. Неправильно думать, что если нет права на вычет входного НДС, то и не нужно вести его раздельно – в этом есть большая опасность.

Раздельный учет поможет в любой момент верно сформировать налоговую базу. Допустим, вы применяете 7%, но выручка растет, поэтому к какой-то части товара теперь применяется ставка 10%, а другая часть – 22%. Как правильно рассчитывать налог к уплате, когда изначала все смешано в одну кучу. В Налоговом кодексе сказано четко – определять базу отдельно по каждой ставке (п.1 ст.153 НК). Ошибка создаст недоплату налога и доначисления.

Помимо этого, организация одновременно может оказывать допустим медицинские или образовательные услуги, которые освобождены от НДС. В этом случае закон также обязывает распределять входной НДС (п. 1 ст. 153, п. 9 ст.164 НК). Одна часть идет в стоимость товара, другая —  в вычет.

Прозрачный раздельный учет поможет доказать инспекторам правомерность действий компании, когда она слетит с пониженной ставки. Судебная практика за последние годы показывает, что необходимо учитывать любые операции, включая ремонты по гарантии, даже если их стоимость невелика. Налоговики пересчитают пропорцию и суд вы проиграете (постановление Арбитражного суда Московского округа от 10.09.2025 по делу №А40-94326/2024).

Раздельный учет способствует внутренней дисциплине. Ведение учета через субсчета помогает увидеть рентабельность каждого направления деятельности компании. Помогает понять, какой сектор создает основную налоговую нагрузку, а какой работает в минус. Не всегда упрощать означает меньше сложностей, в данном случае теряется контроль.

Понимаем, что такой учет трудоемкий: нужно открывать десятки субсчетов, прописывать метод распределения в своей учетной политике, тщательно работать с первичкой. Но это ваша безопасность от претензий налоговиков.

Позиция наших аудиторов – «за» раздельный учет. И самое важное в этом — правильно заполнить декларацию по НДС. В данный момент постоянно идет налоговая реформа. Законы постоянно меняются. И право по ведению раздельного учета может стать обязанностью. А если у компании на упрощенке ведутся разные виды деятельности, и даже не облагаемые НДС, все равно они обязаны вести раздельный учет. Прежде всего для того, чтобы декларация была заполнена правильно. Пониженная ставка не всегда будет действовать, в любой момент компания может с нее слететь.

Позиция «ПРОТИВ»

Минус раздельного учета – лишняя работа бухгалтерии на распределение копеек по НДС. Законы позволяют малым компаниям избавиться от лишней нагрузки.

Решающее изменение внесено Федеральным законом от 28.11.2025 № 425-ФЗ. В котором четко разграничиваются налогоплательщики на категории. При применении пониженных ставок НДС 5 и 7 % вычет входного НДС применять нельзя – налог сидит в стоимости купленной продукции, оказанных услуг. (подп. 8 п. 2 ст. 170 НК). Чтобы не возникло вопросов у налоговиков, такой порядок формирования себестоимости закрепите в вашей учетной политике.

Имеет ли смысл расходовать силы на разделение, которое не принесет пользу? Если компании (или ИП) не нужны вычеты по НДС, то весь входной налог будет отнесен на затраты. Поэтому нет необходимости рассчитывать пропорции «облагаемые/необлагаемые», открывать лишние субсчета и применять правило пяти процентов.  Все идет по простому алгоритму – суммировать стоимость покупок и входной НДС. Эта сумма сформирует себестоимость.

В отношении управленческого учета намного проще – сейчас бухгалтерские программы могут делать анализ рентабельности, не применяя субсчета. Если можно упростить работу, в соответствии с законом и без ущерба для бюджета – это стоит использовать.

На пониженных ставках можно не вести раздельный учет НДС.

Раздельный учет НДС вести не нужно, если у вас упрощенка и пониженные ставки НДС 5 и 7 процентов и поэтому права на входной НДС нет. Такое правило установлено налоговым законодательством с начала этого года (подп.8 п.2 ст. 170 и п.2 ст.171 НК в ред. подп. «б» п.11 ст. 2 Закона № 425-ФЗ).

Что же все-таки делать с раздельным учетом НДС упрощенцам, будет зависеть от статуса организации и структуры ее сделок. Спорить бесполезно, пока не проанализируете, какие именно операции производите. Ниже подскажем три схемы, правила в которых соответственно отличаются.

Схема первая. Если операции по пониженным ставкам 5 или 7 процентов. В этом случае право на стороне противников раздельного учета. Если вся деятельность компании ведется по этим ставкам, вести раздельный учет не нужно. Входной НДС к вычету не принимается, а сразу включается в стоимость активов. Сложности в учете отсутствуют, расчеты становятся линейными и предсказуемыми и соответствуют новому законодательству.

Схема вторая. Если в течение года есть вероятность смены пониженных и общих  ставок. Здесь правы приверженцы раздельного учета. Когда в течение одного года компания продает товары сначала со ставкой 7%, а затем по ставке 22% — необходим раздельный учет. У компании возникнет право на вычет по операциям с общими ставками. Чтобы правильно рассчитать вычет, отделите входной НДС по этим операциям от налога, входящего в стоимость товаров по ставке 7%.

Без ведения раздельного учета в этом случае у вас либо будет завышен вычет, либо наоборот занижен и потеряете в деньгах. Принцип работы должен быть строгий – отдельные регистры, раздельные субсчета, четкая база для распределения: выручка либо прямые расходы. В любой попытке смешать потоки налоговики увидят ошибку.

Схема третья. Если компания совмещает облагаемые и необлагаемые операции при общих  ставках. Хоть и компания применяет общие ставки, допустим производит медицинские препараты (0% ставки) либо оказывает услуги образования (без НДС), обязателен раздельный учет (п.4 ст. 149 НК).

Единственное исключение – правило 5 процентов. Компания имеет право принять к вычету весь входной НДС без распределения, если расходы на необлагаемую деятельность составят менее 5% от всех расходов за квартал. Однако такое правило должно быть прописано в учетной политике. И каждый квартал надо будет подтверждать расчет. С момента превышения порога в 5% – обязательно надо снова вести раздельный учет.

Чтобы понимать, нужно ли вам вести раздельный учет, последуйте следующим советам:

• Проведите аудит операций. Отследите все виды бизнеса и применяемые к ним ставки НДС
• Выделите долю необлагаемых операций. Отследите, укладываетесь ли вы в предел пяти процентов. Даже если превышаете на рубль – будет обязательным раздельный учет начиная с этого квартала;
• Сделайте выбор. Если используете только пониженные ставки – не тратьте время и ресурсы на раздельный учет, если присутствует хоть одна операция по общей ставке или необлагаемая льгота — организуйте систему субсчетов и регламентов. Не забывайте: в существующей налоговой реальности не рискуют те, кто более точно адаптирует свой учет под характер деятельности.

В компаниях, ведущих раздельный учет необходимо правильно составить методику в учетной политике. Этот документ будет являться главным аргументом при проверке и покажет, что на данном участке учета полный порядок. Ниже – образец формулировки для учетной политики, который можно взять за основу и подстроить под свой учет.